纸质凭证审核人和账务系统审核人不一样,有税务风险吗？

没有。
是要税费核算正确，纳税申报及时，税款缴纳完整，就没有税务风险。
税务局不是会计师事务所，不管企业的内控制度和会计准则的执行情况。会计凭证的制证、审核等事项，税务局根本不管。