合同由哪个部门管理？

看你是什么性质的公司：

1、劳动合同：人事部；

2、租赁合同、采购合同、营运合同：由专门的档案管理员保管（档案管理员可以设在财务或行政部下面）；

3、招商合同：招商部或财务部4、与供应商的合同：财务部或档案管理员。========如果是专门经营房地产或商业购物中心的公司，可以设立合同部或法务部，由该部门负责招商合同保管。

合同是否具有法律效应

第五十二条 有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
第五十四条 下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销：
（一）因重大误解订立的；
（二）在订立合同时显失公平的。
一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。
当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销。
根据你的描述，甲乙双方签订合同的时候并没有上述情形，所以合同应该是有效的，不能因为之后的纠纷就否定合同的效力

当事人之间的合同是否是法官判案的依据？

当事人之间的合同，如果在法律上没有损害国家和第三人利益等法律规定合同无效的情形，即合同是合法有效的。则法院在确认合同所涉法律关系等事项时，首先要依据的就是当事人之间的合同及内容。

什么样的合同是受法律保护的

当事人订立合同应当具有相应的民事权利能力和发事行为能力.当事人可依法委托代理人订立合同.当事人采用合同书形式订立合同的,自双方当事人签字或者盖章时合同成立.合同内容未违反合同法规定！